10x Genomics平台是目前应用最广泛的高通量单细胞转录组测序技术。该技术基于微流控液滴包裹原理，通过将单个细胞与带有独特分子条形码（Barcode）的凝胶微珠共同包裹在油滴中，实现单细胞的高效捕获与标记。每个细胞的mRNA被逆转录后携带唯一的细胞标签，随后进行文库构建和高通量测序，可同时分析数千至数万个单细胞的基因表达谱。
Smart-seq技术是一种基于全长转录本的单细胞RNA测序方法，通过模板转换和PCR扩增实现对单个细胞中全长mRNA的高灵敏度检测。与10x Genomics相比，Smart-seq2/Smart-seq3具有更高的基因检测灵敏度和更好的转录本覆盖度，能够检测到低丰度转录本和剪接变体（Alternative Splicing）。
BD Rhapsody平台采用微孔板捕获技术，通过将单细胞与抗体偶联的寡核苷酸探针结合，实现单细胞水平的转录组和蛋白质组同时检测。该平台具有较高的细胞捕获效率和较低的双细胞率，支持多种样本类型包括新鲜组织、冷冻样本和FFPE样本的分析。
单细胞RNA测序（scRNA-seq）与单细胞染色质可及性测序（scATAC-seq）的联合分析是当前单细胞多组学研究的核心技术之一。10x Genomics Multiome平台可在同一细胞中同时捕获基因表达和染色质开放状态信息，通过整合转录组和表观基因组数据，能够揭示基因调控网络、识别关键转录因子结合位点、解析细胞命运决定的分子机制。
CITE-seq（Cellular Indexing of Transcriptomes and Epitopes by Sequencing）是一种将抗体与DNA条形码偶联，实现单细胞转录组与细胞表面蛋白同时检测的多组学技术。该方法通过抗体-寡核苷酸偶联物（ADTs）标记细胞表面蛋白，可获得数百种蛋白标志物的定量信息。
单细胞免疫组库测序（scTCR-seq/scBCR-seq）可在单细胞水平解析T细胞受体（TCR）和B细胞受体（BCR）的全长序列及其克隆型信息。结合scRNA-seq数据，可实现免疫细胞的转录组特征与抗原受体序列的精准配对分析，用于追踪克隆扩增动态、识别抗原特异性T/B细胞。
Visium空间转录组技术通过在载玻片上预先点阵排列的寡核苷酸捕获探针，实现组织切片中mRNA的原位捕获和空间定位。每个捕获点（Spot，直径约55μm）可检测数千个基因的表达，同时保留组织的形态学信息，揭示细胞-细胞通讯网络和组织微环境的空间异质性。
Xenium是10x Genomics推出的亚细胞分辨率原位空间转录组平台，采用高度多重化的荧光原位杂交（FISH）技术，可在组织切片中实现数百个基因的原位检测和精确定位。与Visium相比，Xenium具有更高的空间分辨率（亚细胞级别），能够精准定位mRNA分子在细胞内的分布。
GeoMx数字空间分析（DSP）平台采用UV光切割释放技术，可对组织切片中用户自定义的感兴趣区域（ROI）进行高度多重化的RNA和蛋白质定量分析。该技术结合形态学标记物进行精确的区域选择，特别适用于FFPE样本的回顾性研究和临床样本的空间分析。
单细胞核RNA测序是从组织中分离细胞核而非完整细胞进行转录组分析的技术。该方法特别适用于难以解离成单细胞悬液的组织类型，如脑组织、脂肪组织、肌肉组织以及冷冻存档样本。通过对细胞核中的RNA进行测序，snRNA-seq能够检测到细胞核内的转录本（包括新生转录本和核定位lncRNA）。
针对无法获取新鲜组织或需要利用生物样本库资源的研究场景，snRNA-seq为冷冻保存样本的单细胞分析提供了可行方案。通过优化的细胞核分离和提取方案，可从液氮保存的组织样本中获得高质量的单核RNA，实现回顾性研究和珍贵临床样本的充分利用。
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